Что бы создать файл или каталог (папка -в мире линукс это каталог) в Диспетчере файлов выберите каталог с файлами сайта. В открывшемся окне в верхнем левом углу рядом со знаком + выберите необходимое действие например +Файл или же + Каталог. Задайте имя файла или же каталога. После чего нажмите на создать новый файл/каталог.
Видео инструкция: